Die Kirche hat in Seelitz eine lange Tradition. Mit seinen 23 weiteren Orten ist Seelitz die größte Kirchgemeinde in Sachsen. Bereits im 8. Jahrhundert soll es ein Wallfahrtsort gewesen sein. Bis zur Reformation gehörte Seelitz mit einem großen Einzugsgebiet rechtsseitig der Mulde zum Bistum Meißen.
Schon um 1200 wurde die St. Annenkirche als Wahrzeichen von Seelitz erwähnt. Nach der Zerstörung des damaligen Gebäudes durch Hussiten wurde 1500 bis 1560 die heutige Kirche im gotischen Stil errichtet.
Der barocke Stil im Inneren hielt im 18. Jahrhundert mit den Emporen, der Decke, dem Gestühl, dem Taufstein, dem Altar und der Kanzel in der Kirche Einzug. Bereichert wurde der historische Kirchkomplex durch das Pfarrhaus seit 1793, das Substitutenhaus und die ehemalige Kirchschule. 1907 erhielt die Kirche durch den Rochlitzer Orgelbaumeister Alfred Schmeißer eine neue Orgel. In den Jahren 1957 bis 1961 wurden Turm und Decke restauriert, 1975/76 folgten umfangreiche Außenputzarbeiten. Die dritte Glocke wurde 1981 angeschafft.
